Frage: Ich betreibe einen Linux - Server, auf dem Apache und MySQL laufen. Wie kann ich MySQL gegen Zugriffe von außen absichern ?

Antwort: Installieren Sie auf jeden Fall eine Firewall, möglichst auf einem anderen Rechnersystem. Dadurch hängt der Server nicht direkt am Internet, sondern in einer DMZ, einer so genannten "Demilitarisierten Zone". 

Weiterhin können Sie den Port 3306 deaktivieren, indem Sie in my.cnf  

skip-networking

auskommentieren. Dadurch arbeitet MYSQL nicht mehr über das Netzwerk, sondern nur noch mit dem internen Localhost zusammen.

MySQL ist nicht mehr über das Netzwerk direkt erreichbar und bedient nur noch den eigenen Rechner mit gleicher IP, das ist der Localhost 127.0.0.1.

Bei der Entwicklung von Perl- oder PHP-Scripten sollte man darauf achten, daß der MySQL-Server nur noch als localhost angesprochen werden kann.

Natürlich sollten Sie die Standard-Schutzfunktionen wie Änderung des Benutzernamens, Passwort, Beschränkung der erlaubten IP-Adressen usw. sorgfältig einstellen und testen.