Frage zum Problem: "ERROR! spamassassin script is v3.000004, but using modules v3.001003!"
Der Fehler liegt an einer früheren Installation von Spamassassin. Bei der Installation des Updates trat offenbar ein Fehler auf, der einen falschen Pfad zu älteren Modulen als Folge hat.
Entfernen Sie sämtliche alten Programmversionen (per Hand, leider...) samt den dazugehörigen Modulen und installieren Sie Spamassassin erneut. Kontrollieren Sie die Startup-Skripte genau, die Spamassassin beim Booten des Systems aktivieren sollen.
Es besteht auch die Möglichkeit, daß das Updatescript fehlerhaft war oder nicht zur Linux-Version paßt, die Sie verwenden. Besuchen Sie die Webseite spamassassin.apache.org und suchen Sie nach den aktuellsten Patches.